冷卻體系是真空爐的重要部分。冷卻水路應保持暢透，不然水溫升高形成停機。這是真空爐作業經常披忽視的問題當無人辦理時可能會導致真空爐的重大破壞。用生物分解化學輔佐方法處理冷卻水，意圖是保持礦物質呈懸浮態，減少橡皮管、蛇形管和水套內沉淀物累積，以使水流暢通。這一般選用一種主動裝置來完結，它可以監測水的導電性，主動彌補化學劑，沖冼水路，增加新鮮水。    

與隸屬蒸氣過濾體系合作，這種方法還可以保證水的pH值操控，防止在冷卻水體系中多余礦物質沉積。在體系作業穩定后，至少應每月一次進行水質試驗以防過處理或欠過理。真空爐外殼和熱交換器資料的試驗樣品也應放在水路體系中，每年做一次分量丟失查驗以檢查處理的作用。對分散泵的蛇形管冷卻器有必要特別注意。應該經常檢查。假如阻塞了，分散泵將會過熱并喪失功能，并且還進一步引起分散泵加熱器焚毀，形成昂貴的、費時的修補。當蛇形冷卻水管阻塞時，將水路同水源斷開，排水并用壓縮空氣吹通或用稀醋酸溶液沖刷。